Tendo a execução sido extinta em resultado de acordo de pagamento em que o registo de penhora tenha sido convertido em hipoteca, caso haja lugar à renovação da instância, tem que ser realizada nova penhora?

Sim. Terá que ser realizada nova penhora e:
a)       Notificar-se o executado após penhora;
b)       Notificar-se  eletronicamente os credores públicos (apenas aqueles que não tenham já reclamado créditos, pois neste caso serão notificados os mandatários / ministério público);
c)        Citar-se os titulares de direito real de garantia que ainda não hajam sido citados;
d)       Notificar-se os credores que já tenham reclamado créditos, do prosseguimento da execução.

Se após a renovação da instância se verificar que foi realizada penhora por terceiro, a execução será sustada.